クロコダイルいわく世界最悪の「古代兵器」プルトン。一発放てば島一つを跡形もなく消し飛ばすことのできるという兵器ですが……これってつまり大海賊時代以前にこんな事ができる兵器を造れる文明があった、ということですよね？
ここで思ったのですが、もしかして「悪魔の実」もプルトンと同様、古代兵器なのではないでしょうか？
１巻あたりでモーガンやバギーの手下も悪魔の実について悪魔の実「シリーズ」といっていますが、どう考えても食べ物に「シリーズ」はつけないでしょう（例えばりんごにもたくさん種類がありますがりんご「シリーズ」とはいわないでしょう？）
どうもこのあたりから悪魔の実が「造られたもの」のような気がするのですが……
プルトンについてですが、大海賊時代にはこのような兵器を製造することは困難です。
古代はもっと文明が進んでいたのかもしれません。これは宇宙から異星人がやってきたなどの、三流小説的なネタは作品的にないと思いますので、可能性は高いと思います。
ちなみに、プルトンについてですが、核兵器と言う意見を良く聞きます。現在の科学を考えるとこれしか思いつきません。
しかし、疑問もあります。プルトンが作られたのはどれくらい前なのでしょうか。仮に5000年前とすると、爆弾を爆発させる起爆装置等は正常に作動するのでしょうか。
さらに、原爆の内部構造もおかしくなっていると思います。このあたりは、専門的内容になり、機密室レベルなのでやめますが、内部構造（例：爆縮レンズなど、爆発の圧力を調整する装置）がしっかりしていない場合、不発に終わります。
意外と、プルトンの弾丸は使い物にならなくなっているかもしれませんね。
それから、悪魔の実は兵器かと言う質問ですが、その可能性があります。
悪魔の実とは人間の遺伝子を書き換え、特殊な能力を発動させる兵器かもしれません。では、そのメカニズムはいかなるものなのでしょうか。
それは、実の中に能力を発動させる遺伝子（生物の設計図）を持った、ウイルスが大量にいるのではないでしょうか。
悪魔の実を食べると、食べた人はウイルスに感染します。すると、ちょっと難しいですが、ウイルスには自分の遺伝子を人の遺伝子にくっつけてしまうことができ、人の設計図に勝手な書きこみをします。
これを利用して、ゴムゴムの実なら、実の中に存在するウイルスは、ゴムの体質にする遺伝子をもっていて、それが、ルフィの遺伝子にくわわったことで、手足が伸びるようになったのではないでしょうか。
これを元に考えると、アラバスタの“イヌイヌの実モデルジャッカル”は、昔からアラバスタの地に存在していても違和感はなくなります（ジャッカルはアラバスタの守護神なので、昔から、この能力者がいると思われるので。）。
なぜなら、ウイルスがアラバスタに常に存在していれば、何かの拍子に感染し、イヌイヌの実の能力者が生まれるからです。
ただそれだと、多くのイヌイヌの実の能力者が生まれるはずですが、きわめて大量にウイルスが体内に侵入しないと人体に影響がないという性質をもっているなら、能力者にはならないと思います。ある特定の個性（遺伝子異常を持った植物の実など）を持った実の中でのみ、ウイルスが大量に繁殖できるとすると、その実はまれであるため、悪魔の実はめったにでないことになります。
人の遺伝子を書きかえる生物であるウイルスこそ、過去の遺伝子工学技術が生み出した生物兵器なのではないでしょうか。
少し難しくなり、申し訳ありませんでした。
おそらく古代文明はすさまじい科学力を有していたのでしょう。ある本で「未来は必ずしも過去より発展しているとはかぎらない」と書いてありました。
現代（こっちの世界の）のモノサシでは量れないような兵器なのでしょう。
確かにアラバスタには過去に高度文明が存在したような痕跡が多く見受けられますね。（ポーネグリフ・遺跡など）もしかして、ロビンは古代人の末裔で、クロコダイルがプルトンを悪用するのを防ごうとしてＢＷに入ったのではないかと思います。それならポーネグリフを読めたことも納得できます。